Der Wirkungsgrad von Meeresströmungskraftwerken ist derzeit noch geringer als der anderer Technologien, die als alternative Energien bezeichnet werden.

Zwar stellen Meeresströmungskraftwerke keine unmittelbare Gefahr für die Fische selbst dar, jedoch wird der Fischfang am Ort des Kraftwerks deutlich eingeschränkt. Fischfang ist nur dann möglich, wenn die Turbine relativ tief gesetzt ist, sodass sich bis zur Wasseroberfläche hin noch genügend freier Lebensraum für Fische befindet.
Strömungskraftwerke beeinträchtigen bestimmte Wassertiere, die sich an einem bestimmten Strömungsgrad des Meeres bevorzugt aufhalten. Die Strömung wird durch das Kraftwerk verändert, was folglich dazu führt, dass derartige Tiere aus ihrem Lebensraum vertrieben werden.
In Bezug auf die allgemeinen Auswirkungen auf die Umwelt, sind Untersuchungen zu Meeresströmungskraftwerken noch relativ unausgereift, sodass mögliche Gefahren und Umweltbeeinträchtigungen noch nicht gut genug eingeschätzt werden können.

Eine weitere Schwierigkeit ergibt sich beim Bau eines solchen Meeresströmungskraftwerks. So müssen Wellen und Bewegungen, die von Schiffen ausgehen und sich auf die Arbeitsweise der Turbine auswirken können, bei der Planung berücksichtigt werden.

Neben der Planung stellt auch der eigentliche Bau solcher Anlagen eine große Herausforderung dar. Zum einen müssen Bauarbeiter unter erschwerten Bedingungen, die das Wasser stellt, zurechtkommen. Zum anderen müssen auch die für Strömunskraftwerke benötigten Baumaterialien für den Einsatz im Salzwasser spezialisiert sein. Außerdem muss das Fundament sowie die Stellwände unter Wasser sicher angelegt sein, da sonst eventuell der Boden durch die Strömungen weggespült werden könnte.
Nicht nur der Bau unter Wasser, sondern auch die Wartung ist unter derartigen Bedingungen etwas umfangreicher, da die Anlagen schwerer erreicht werden können.

Die aufwendigen Bau- und Wartungsarbeiten wirken sich natürlich erheblich auf den Kostenfaktor aus. Die erzeugte Energie aus Meeresströmungskraftwerken ist derzeit noch überdurchschnittlich teuer. Folglich sind diese Anlagen mit anderen Energiequellen noch nicht konkurrenzfähig.

Da Meeresströmungskraftwerke ein hohes Maß an natürlichen Voraussetzungen fordern, ist das Potenzial für mögliche Kraftwerke beispielsweise in Deutschland sehr gering. Es gibt nur wenig geeignete Küstenregionen, die sich als möglicheer Standort für solch ein Meeressrömungskraftwerk eignen, weswegen dem Aufstreben dieser Art von Energiegewinnung beachtliche Grenzen gesetzt sind.