In Bezug auf die reine Stromversorgung ist als Nachteil die Abhängigkeit von den Wetterverhältnissen zu nennen. In sehr niederschlagsarmen Jahren ist demnach auch die Stromversorgung recht unsicher

Nachteile der Energieerzeugung durch Wasserkraft wirken sich hauptsächlich auf die nähere Umgebung des Standortes eines Wasserkraftwerks aus. Demnach müssen bei einem Neubau einer Wasserkraftanlage häufig die dort lebenden Bewohner ihre Heimat aufgeben und umgesiedelt werden, was oft großen Aufruhr und Unzufriedenheit bei den Betroffenen hervorruft.

Nicht nur Umsiedelungen, sondern auch der Zustand des Grundwassers in der Nähe eines Wasserkraftwerkes kann den dort lebenden Bewohnern große Schwierigkeiten bereiten. Der Bau von Stauanlagen kann zur Senkung, Steigung oder sogar zur Verunreinigung des Grundwassers führen, was die Menschen an dreckigem Trinkwasser zu spüren bekommen. Auch das Freizeitangebot der dort lebenden Bevölkerung wird drastisch eingeschränkt. Häufig sind Erholungs- und Urlaubsgebiete in der Nähe von Seen oder Gewässern für Aktivitäten wie das Angeln oder Kanufahren nicht mehr geeignet.

Auch die Landwirtschaft hat mit den Folgen aufgrund dort gebauter Wasserkraftwerke zu kämpfen. Die Anstauung von Wasser findet häufig auf landwirtschaftlichem Grund statt, der sonst für ökologischen Anbau genutzt werden könnte. In sehr heißen Regionen kann ein Stausee sogar eine völlige Unfruchtbarkeit des Bodens hervorrufen, da er die Überschwemmungen unterbindet, die eigentlich das landwirtschaftlich genutzte Land düngen und bewässern sollen.

Nicht nur für Menschen, sondern auch für Pflanzen und Tiere kann solch ein Wasserkraftwerk erhebliche Folgen haben. Der natürliche Lebensraum wird zerstört. Es wird künstlich Wasser angestaut, was die Fließgeschwindigkeit der Gewässer deutlich verringert und somit für Wanderfische ungünstig ist.

Im Stausee lagern sich aufgrund der Versandung organische Stoffe ab, die giftige Faulgase erzeugen, was zu Fisch- und Pflanzensterben führt. Die veränderten Fließeigenschaften rufen jedoch nicht nur Pflanzensterben hervor, sondern können auch dafür sorgen, dass an ungewollten Stellen plötzlich Pflanzen wachsen und wieder entfernt werden müssen.